花蓮港是「洄瀾港」的諧音。清朝嘉慶十七年（西元1812年），部份漢人開始從宜蘭移墾，見岸際溪水日夜奔注，時刻與海浪衝擊而形成縈迴的狀態，遂稱之為「洄瀾港」。

在台灣日治時期，1931年蘇澳鎮與花蓮港間道路修築完成（現今蘇花公路，為台9線的一段），使得花蓮港與台灣北部地方的陸路聯繫為之暢通，然而在貨物的運輸仍未見方便。台灣總督府認為此問題未能解決，東台灣的運輸設施仍無法臻至完備，對地方開發仍存在極大的障礙。

因此，自同年度起8年之間，以總經費742萬日圓開始修築花蓮港街（米崙，現名花蓮美崙）的商港，1939年完成了三座碼頭，可供3000噸級貨輪停泊。1940年東部水力發電完成，計畫大量設立鋁業、電氣、氮氣、金屬精煉等臨港工業，擴建港口殊感需要，乃以500萬日圓開始第二期築港工程，預定於1944年竣工，但因太平洋戰爭關係，工程無形停頓。

於臺灣光復後，於1945年開始修復，至1956年完成，復因貨運量逐年上升，為配合貨運發展趨勢，乃於1959年4月進行第一期擴建工程，至1962年10月完成，吞吐量年達五十萬噸，我政府為加速經濟發展，鼓勵產品外銷，拓展國際貿易及促進東部繁榮，乃於1963年9月1日開放為國際港。自本港開放國際港以來，貨運日增，船舶進出頻繁，乃於1969年9月開始第二期擴建工程，至1973年6月完成。吞吐量達一一○萬噸，為適應業務發展需要，又於1974年7月開辦第三期擴建工程，碼頭八座先於1977年10月10日完成啟用，紓解泊船擁擠現象，航道拓寬工程於1978年9月30日完成，能提供一萬五千噸海輪通行，營運能量增為二九○萬噸，嗣基於本港天然條件限制，航道狹窄，為配合開發東部資源及將來航運需要，呈准實施第四期外港區擴建工程，計畫自港口延伸至美崙溪口止，自1978年開始準備工作，1978年起施工，於1991年12月完成，今後三至十萬噸級可自由進出花蓮港，外港區各碼頭靠泊裝卸作業以配合產業東移之需求及發展。

於2012年3月1日起成立國營之「臺灣港務股份有限公司」，原花蓮港務局則改制為花蓮港務分公司。